Ένα από τα στοιχεία που χωρίς αμφιβολία χαρακτηρίζουν και διακρίνουν σε ευρωπαϊκό επίπεδο το Ελληνικό Κράτος, είναι η σχέση του με την Ελληνορθόδοξη Εκκλησία. Στο διαχωρισμό Κράτους – Εκκλησίας (που διαφαίνεται πως δειλά ανοίγει η νέα κυβέρνηση), άμεση είναι η εμφάνιση αντιδράσεων, οι οποίες αντιτάσσονται έντονα στο ενδεχόμενο (απευθυνόμενες συχνά στα βαθύτερα θρησκευτικά ένστικτα του λαού). Η μετάβαση της Ελληνορθόδοξης Εκκλησίας από το καθεστώς Νομικού Προσώπου Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) σε καθεστώς Νομικού Προσώπου Ιδιωτικού Δικαίου (ΝΠΙΔ) είναι ένα από τα ζητήματα που, κατά πάσα πιθανότητα, θα απασχολήσουν ξανά την ελληνική κοινωνία.